При выполнении проектов, затрагивающих территории ООПТ решается сложный комплекс проблем: допустимость проведения проектируемой деятельности с позиций природоохранного законодательства, возможность строительства объектов на особо охраняемых природных территориях, соответствие проектных технических условий строительства или реконструкции объектов законодательству по охране природной среды и т.п.

Центр имеет большой опыт по оценке воздействия планируемой хозяйственной деятельности на животный и растительный мир. Сотрудники Центра принимали участие в разработке «Методики оценки вреда и исчисления размера ущерба от уничтожения объектов животного мира и нарушения их среды обитания» (Утверждена Госкомэкологией России 28.12.2000 г.) и «Методики оценки вреда и исчисления размера ущерба от уничтожения объектов животного мира или нарушения среды их обитания на территории ЯНАО» (Утверждена Постановлением Губернатора ЯНАО от 18.08.2005 г. N 86-А. При разработке проектов ОВОС производится расчет ущерба, наносимого животному миру от планируемой хозяйственной деятельности. Если работы планируется проводить на территориях ООПТ, то, кроме расчета ущерба, разрабатывается комплекс компенсационных мероприятий по снижению негативного воздействия на территории ООПТ, а также программа проведения мониторинга растительности и животного мира в рамках ПЭМиК.
При проведении работ на территориях ООПТ разрабатывается комплекс компенсационных мероприятий по снижению негативного воздействия на их территории.